Treadstone, het ultrageheime programma dat deze supermoordenaar creeerde, is opgeheven en wordt nu voortgezet onder een andere naam: Blackbriar. Voor Bourne vormen zij de enige schakel met een leven dat hij vergeefs tracht te vergeten. Zijn zoektocht brengt hem via Moskou, Parijs en Madrid naar Londen en Tanger. Steeds weer moet hij de mensen van Blackbriar, de federale agenten en de lokale politie te snel en te slim af zijn. Uiteindelijk belandt hij waar alles begon en waar het ook zal moeten eindigen: in de straten van New York City.